�@ 堆肥の原料としての配合割合を無視している。
�A 生ごみに含まれる塩分が土壌に悪影響をおよぼす。
�B 生ごみとともに排出される油分が作物の生育に害をおよぼす。

堆肥の原料としての配合割合を無視しているということは、肥料を植物の食べ物にたとえるとよく理解できる。昔は人畜の糞尿を主体にして、それに生ごみを加えて肥料としてきた。この栄養バランスがとれていたことで、立派な野菜を作ることができたわけで、これが本来の「有機農法」そのものであった。ところが生ごみだけとなると、レストランなどの外食産業を例にすると、ご飯・麺類と肉・魚類の比率が各々三分の一程度となり、これではタンパク質が過剰となる。すなわち、窒素過多の栄養アンバランスから来る生育障害が懸念される。
つまり、植物の食べ物には動物と同様に適した配合割合があるということである。有機物なら何でも与えれば良いというものではない。これの解決策は畜糞堆肥と生ごみの比率を一定にした堆肥づくりを心がけることである。理想的には七対三で生ごみを三割程度とした配合比率である。生ごみに含まれる塩分が土壌に悪影響をおよぼすことは、土の団粒構造を壊し、植物の根の健全な生育を阻害するという弊害がある。しかし、これは塩分としての絶対量の問題であるため、投入量および生ごみの相対的な比率を考慮すれば、克服できる課題である。また、この場合の塩分とは塩化ナトリウムを指すが、これは発酵過程を経て微生物によって分解され、アミノ酸やその他の有機酸と結合した「グルタミン酸ナトリウム」などに変換し、植物に無害な塩化物にすることを可能とする技術もある。